Mbledhja e themelimit të PKSH-së u mbajt në datat 8-14 nëntor 1941 e koordinuar nga dy të dërguarit e Titos dhe Kominternit, Dushan Mugosha dhe Miladin Popoviq. Fjalimin e hapjes e mbajti Popoviq, i pranuar si delegat i Kominternit paraprakisht. Rezolucioni i PKSH-së theksonte që nuk duhej harruar rreziku “nga influenca nacionaliste”.
Deri në vjeshtën e vitit 1942, PKSH-ja ishte e izoluar. Dy nga grupet, i Shkodrës dhe i të Rinjve, kishin paditur në polici grupin e Korçës sepse e konsideronin tradhëti çlirimin. Për të dalë nga izolimi e fshehën partinë pas një emrit tjetër Fronti Nacional Çlirimtar. Më 16 shtator 1942 u bë Mbledhja e Pezës, si qëllim real kishte shfaqjen publike për t’i dhënë PKSH-së një imazh gjithëpërfshirës dhe patriotik, që komunistët luftonin për atdhe. Kjo iu shërbente edhe për të përgënjeshtruar akuzat për atësinë jugosllave të partisë së tyre, gjë që bëri edhe Abaz Kupi, të binte brenda.
Në dhjetor 1942, PKSH-së i shkuan udhëzimet e radhës nga Josip Broz Tito. Ndër të tjera, porositte për pastrimin e partisë nga elementët “antiparti” dhe grupet e vogla, për të krijuar një udhëheqje të fortë. Llazar Fundos i lakohet emri në një paragraf posaçërisht më vete, për t’u likujduar.
Me t’ia behur misionet britanike në prillin e 1943, u zbutën disi marrëdhaniet e topitura mes Ballit Kombëtar dhe Partisë Komuniste. Më 26 korrik 1943 mbahet takimi përgatitor para Mukjes në Tapizë ku FNÇ-ja përfaqësohej nga Ymer Dishnica, Mustafa Gjinishi. A. Kupi dhe Myslym Peza. Të dyja palët hartuan platformën që do të propozohej në Mukje në datat 1-2 gusht kur arrihet Marrëveshja. Neni më i debatuar qe ai i Shqipnisë Etnike që në fund arriti të përfshihet në platformë. Përfaqësuesit e FNÇ-së e kundërshtuan me forcë çështjen e Kosovës për shkak të aleatëve jugosllavë, edhe pse ranë dakord, marrëveshja nuk zgjati.
Në gusht të 1943, PKSH nisi luftën kundër palëve të tjera ndërluftuese shqiptare si Ballit Kombëtar dhe Legalitetit. Me Konferencën e II të Labinotit, 4-9 shtator 1943, PKSH u nda përfundimisht nga nacionalistët. U vendos që nacionalistët të ngarkoheshin me përgjegjësi dhe të gjendeshin argumentet për prishjen e bashkëpunimit të përparshëm. Pak më vonë partizanët sulmuan çetat e Muharrem Bajraktarit, Gani Kryeziut etj. Abaz Kupi doli nga radhët e FNÇ-së për shkak të vëllavrasjes. Hoxha më pas e pranoi se partia e tij humbi moralisht, zgjodhi rrugën e gabuar dhe se nga bashkëpunimi kaluan në terrorizëm.
